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ApexBio的3X FLAG Peptide
FLAG标签系统利用与目标蛋白质1融合的短而亲水的8个氨基酸的肽段。FLAG肽与抗体M1结合。结合是钙依赖性方式2还是非依赖性3仍存在争议。该系统的缺点是单克隆抗体纯化基质不如其他基质稳定。通常，可以用特异性单克隆抗体检测小标签。
为了改善对FLAG标签的检测，已经开发了3x FLAG系统。这种三级FLAG表位是亲水的，长22个氨基酸，可以检测到高达10 fmol的表达融合蛋白。激烈热球菌的带有FLAG标签的麦芽糖糊精结合蛋白已被结晶4，其晶体质量与未标记蛋白的晶体质量非常相似。
最后，可以通过用肠激酶处理去除FLAG标签，肠激酶对肽序列5的5个C末端氨基酸具有特异性。