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纯iCTC可用于疾病进展的分子分析，包括表明对癌症药物具有药代动力学反应的基因突变和表达水平，以及对转移细胞具有特异性且无毒作用的新药物的新型靶标。
血液中CTC的上皮/肿瘤（KRT，EpCAM，MUC16 / CA125，CD24，Tert），祖细胞/ EMT /浸润（CD44v6，TWIST1，seprase）和内皮（CD31，CDH5，VEGFR）基因的表达。