Kapa biosystems表观遗传分析

基于阵列的方法和基于下一代测序（NGS）的方法都用于研究表观遗传修饰。有三种基于NGS的常见方法可用于表观遗传分析：甲基序列，ChIP序列和ATAC序列。

Methyl-seq   用单核苷酸分辨率研究基因组的甲基化状态。该方法采用亚硫酸氢盐处理，可将胞嘧啶残基转化为尿嘧啶，而甲基化残基则保持不变。已经开发了几种甲基序列策略，包括全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）和简化表示的亚硫酸氢盐测序（RRBS），这丰富了CpG岛。

ChIP-seq将染色质免疫沉淀（ChIP）与NGS结合使用，以鉴定整个基因组中与DNA相关的蛋白质的结合位点，通常用于绘制组蛋白修饰和转录因子。该方法依靠靶向抗体的选择来富集与特定蛋白质结合的目标DNA片段。

ATAC-seq是用于转座酶可及的染色质测序的一种测定方法，可确定染色质可及性的区域并绘制DNA结合蛋白的图谱，以鉴定活性启动子，增强子和其他顺式调控元件。该方法通过生成具有50,000个细胞的测序文库，已经改变了基因调控的分析方法。

由于表观遗传学分析通常涉及超低输入DNA，因此从有限的材料构建高质量文库至关重要。罗氏测序解决方案提供了许多用于表观遗传工作流程的目标富集，文库制备和优化文库质量的解决方案。SeqCap®Epi靶标富集试剂盒可通过单碱基分辨率富集用于DNA甲基化评估的靶标。的  KAPA HyperPrep套件  理想地适合于这两个芯片起和甲基SEQ应用，因为它使接头连接的文库和扩增低偏压的更高的产率。这意味着更高的文库多样性，更低的重复率和更统一的覆盖率，尤其是对于低输入样本而言。对于甲基序列研究，  KAPA HiFi Uracil + 由于对尿嘧啶残基具有耐受性，HotStart DNA聚合酶对于亚硫酸氢盐转化的文库的扩增至关重要。KAPA HiFi HotStart ReadyMix可用于扩增ATAC-seq和ChIP-seq库，从而改善序列覆盖范围并减少偏差。