实验室工作中,经常会需要用到纯化的DNA,这时我们通常需要使用一个商业的DNA提取试剂盒对目的DNA进行分离纯化。市面上有很多类型的提取试剂盒,当使用不太熟悉的样本类型时,选择合适的盒子是尤为关键的,辉骏生物分享以下6点建议。 一、试剂盒组分 目前大多数DNA提取试剂盒遵循相同的基本步骤:裂解,柱纯化,洗涤杂质,柱洗脱。然而,不同的盒子在完成每个步骤的方式上有很大的不同。 二、使用的样本类型 不同的DNA来源有不同的试剂盒,从实验室培养的细胞,到临床样本,土壤样本,甚至指纹,也有许多专门用于某些应用的试剂盒。例如,土壤中的腐殖酸或血液中的血红蛋白会污染纯化的DNA,从而干扰下游的DNA实验(如PCR)。当然,也有一些试剂盒会在进行纯化步骤之前专门去除这些组分。如果想从PCR或琼脂糖凝胶中纯化DNA,有许多方法可以提高琼脂糖凝胶纯化的回收率。 三、基因组 VS 质粒DNA提取 一般来说,质粒DNA分离要比基因组DNA分离温和。这是因为针对质粒DNA的裂解步骤需要染色体DNA与细胞蛋白片段保持结合,以防止其污染最终的样品。两种类型的DNA回收都有试剂盒,甚至有可以同时纯化基因组DNA和总RNA的试剂盒。 四、细胞系 VS 生物体 在选择DNA提取试剂盒时,最重要的变量可能是你所使用的生物体。 五、你需要多少DNA ? 大多数DNA分离试剂盒公司都提供含有类似成分的试剂盒,这种试剂盒可以根据处理样品的体积进行缩放。如下是一个基于大肠杆菌的DNA分离试剂盒推荐样本体积的纲要,范围很广。对于特殊的应用,当涉及到培养物或组织样本的数量时,选择可能较少。 小量制备: >15 mL 中量提取:15-25 mL大规模制备:100-200 mL 巨型制备:500-2,500 mL 甚至高达2.5-5升! 六、时间成本:生产率的考虑 当一次处理超过50个样本时,不再考虑使用小量柱纯化,高通量DNA提取试剂盒是更好的选择,它可以以96孔的形式运行,以便在需要同时处理多个样本的DNA的实验。 DNA提取试剂盒有各种规格和大小,然而,共同的主线是,所选择的试剂盒能产生干净和浓缩的DNA。可以定期评估DNA提取物的数量和质量,以确保试剂盒适合此应用类型。 |